如何选择合适的荧光标记？当选择荧光标记时，需要自问以下问题：
一、您显微镜上的滤光片/激光源是什么?
首先您需要知道您显微镜上的滤光片/激光源。他们将会决定您可以使用什么样的荧光蛋白或染料用来激发和显现。
二、您计划在一个样品上应用几个荧光素？
如果您在样品上使用一个以上的荧光素，那么您需要仔细挑选其他的荧光染料来最小化光谱重叠。您可以通过查看激发和发射光谱来决定使用哪一对染料，以降低他们的激发和发射光谱重叠。
如果您使用激光来激发荧光素，您只要确保您的激光 (ie. 488 nm) 不会同时激发两种以上的染料即可。如果该激光可触发到第二个荧光染料的激发光谱，那么在激发第一个染料时您可能会少量地激发到了第二个染料，而如果这时您 的滤光片也能接受第二个染料的发射光，您就会得到不准确的信号。
然而如果您用来接收发射光谱的滤光片刚好不能接收到第二个染料发射的光，那么您拍得的图片就看不到这段重叠光谱，就没有问题。
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